在保存网纹瓜之前，首先需要了解网纹瓜的成熟度与保存条件之间的关系。未成熟的网纹瓜可以适当在室温下催熟，而成熟的网纹瓜则应尽快冷藏，以避免果肉过熟或腐烂。保存前应检查瓜体是否完整，有无磕碰或破损。若有损伤，应优先食用或加工，避免进一步变质。
若网纹瓜尚未完全成熟，建议将其放置在阴凉通风处进行催熟。最佳保存温度为15-20℃，避免阳光直射和潮湿环境。通常情况下，未切开的网纹瓜在常温下可保存3-5天。保存过程中应避免与其他水果（尤其是释放乙烯较多的水果如苹果、香蕉）混放，以免加速成熟。
对于已经成熟的网纹瓜，建议将其放入冰箱冷藏保存。冷藏前建议用厨房纸巾包裹瓜体，再装入保鲜袋或保鲜盒中，以减少水分流失和避免与其他食物串味。冷藏条件下，网纹瓜的保鲜期可达7-10天。
如果网纹瓜已经切开，则应尽快食用。若需保存，应将切口面用保鲜膜紧密包裹，或放入密封容器中冷藏。切开的网纹瓜建议在2-3天内食用完毕，以保证口感和营养。为避免细菌滋生，保存时应远离生肉类等易污染食材。
网纹瓜不适合直接冷冻保存，因为其高水分含量会导致果肉组织变软、口感变差。但如果用于制作果汁或甜品，可将果肉挖出切块后冷冻保存，保存期限可达1个月。冷冻前建议将果肉沥干水分，并分装成小份以便取用。
变质的网纹瓜通常表现为瓜皮发软、出现黑斑、散发异味或果肉颜色异常。一旦发现这些现象，应立即停止食用。为确保食用安全，建议每次保存时记录保存日期，并在建议的保鲜期内食用完毕。