黑小麦与普通小麦最直观的区别在于籽粒颜色。黑小麦因其麸皮中含有天然的花青素，呈现出独特的紫黑色、蓝黑色或黑褐色，而普通小麦的籽粒则是我们熟悉的浅黄色或琥珀色。这种颜色差异使得黑小麦在众多谷物中极易辨认，也常被称作“黑麦”。
在营养层面，黑小麦全面优于普通小麦。研究显示，黑小麦的蛋白质、膳食纤维、钙、维生素K以及总酚、总黄酮含量和抗氧化活性都显著高于普通小麦，其中总酚含量可达普通小麦的6倍。它还富含B族维生素、铁、锌、硒等微量元素。部分品种的蛋白质含量可高达20.09%，总膳食纤维含量达14.11%。此外，黑小麦的矿物质和维生素含量也更丰富，尤其是钙、铁、锌、硒及维生素B1、B2的含量均高于普通小麦。
由于黑小麦的“黑色”外皮富含花青素，它具备普通小麦所没有的抗氧化和抗炎特性。食用黑小麦对多种慢性疾病具有积极的预防作用，包括心血管疾病、炎症、癌症、糖尿病和肥胖等。其丰富的膳食纤维有助于降低血液中总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇水平，从而保护心血管。在血糖管理方面，黑小麦的淀粉消化速度较慢，部分品种的估计血糖指数较低，有助于延缓餐后血糖上升，对糖尿病患者控制血糖有积极意义。普通小麦虽然也是主食，但在这些保健功能上相对较弱。需要注意的是，虽然黑小麦营养更丰富，但两者都含有麸质，对小麦过敏或患有乳糜泻的人群都应避免食用。对于肠胃功能较弱、肾脏病人以及需要控制蛋白质摄入的人群，食用黑小麦时也需比普通小麦更加谨慎。