木瓜汁出现凝固现象，最核心的原因在于木瓜中含有的“木瓜蛋白酶”。这种酶具有分解蛋白质的能力，当木瓜被榨成汁后，细胞壁破裂，木瓜蛋白酶被大量释放出来。如果此时木瓜汁中混入了富含蛋白质的成分（如牛奶、酸奶、豆奶或蛋白粉），木瓜蛋白酶就会开始分解这些蛋白质，改变蛋白质的分子结构，使其相互连接形成网状结构，从而将水分包裹起来，表现为凝固或结块。这一过程与制作嫩肉粉的原理完全相同——木瓜蛋白酶正是许多嫩肉粉的有效成分。即使没有添加其他蛋白质，纯木瓜汁在长时间放置后也可能出现轻微凝固，这是因为木瓜果肉细胞中本身就含有少量蛋白质，同样会被自身携带的酶分解。
需要分情况判断。如果木瓜汁只是因为与牛奶等混合后发生了蛋白质分解反应而凝固，并且是在制作后几小时内、冷藏保存的情况下，那么它是可以安全饮用的。这种凝固并不会产生有害物质，只是口感从顺滑变得像豆腐花或碎奶酪一样，风味上可能会略带苦味（因为蛋白质分解产物中含有苦味肽）。但必须注意以下几点：如果凝固的同时伴有酸败气味、泡沫、分层明显或液体变得粘稠拉丝，说明可能被杂菌污染，不应再饮用。如果木瓜汁使用了未成熟的青木瓜，其中蛋白酶活性更高，凝固后苦味会更重，虽无毒但口感很差，不建议勉强喝下。另外，室温下放置超过4小时的凝固木瓜汁，细菌繁殖风险较高，无论是否凝固都不建议继续饮用。
如果希望保持木瓜汁顺滑的液态口感，可以采取以下措施：第一，选择完全成熟的木瓜，成熟度越高，蛋白酶活性相对越低。第二，制作后立即饮用，不要放置超过10分钟，尤其是在添加牛奶的情况下。第三，如果必须提前制作或需要携带外出，可以用酸性环境抑制酶活性——在木瓜汁中加入少量柠檬汁或青柠汁，降低pH值后木瓜蛋白酶的作用会明显减弱。第四，将木瓜汁高温加热（如隔水加热到70℃以上并保持2分钟），使蛋白酶变性失活，但这样做会破坏大部分维生素C，且加热后的木瓜汁风味会发生改变。最实用的建议仍然是：现榨现喝，不加牛奶，或者在喝之前才将木瓜汁与牛奶混合。