南瓜泥在冰箱冷藏室（0-4℃）可以保存3-5天。根据中国农业科学院农产品加工研究所的研究，南瓜泥制作完成后应尽快冷却至室温，并在2小时内放入冰箱冷藏。冷藏时间过长，南瓜泥可能会出现变质现象，如异味、变色等。如果宝宝吃的南瓜泥没有变质，可以继续食用；如果出现变质，则不可以食用，以免引起腹痛、腹泻等不适。
需要特别注意的是，冷藏的南瓜泥最好使用带盖的保鲜盒密封保存，防止串味和水分流失。另外，经过冷藏的南瓜泥，食用前需要再次加热处理，不要直接食用冷藏后的南瓜泥。
南瓜泥在冷冻室（-18℃以下）可以保存15天到6个月不等，具体时间取决于保存方式。一般家庭操作下，将南瓜泥分装到保鲜袋中摊平冷冻，可保存10-15天。如果用真空密封机抽气封存后冷冻，最长可达6个月不变质。也有资料显示，按照专业方法分装密封冷冻，可保存6个月左右。
值得注意的是，商业餐饮行业的冷冻南瓜泥保质期可以达到两年，但家庭制作由于卫生条件和设备限制，建议不要保存过久。冷冻保存时要确保容器密封良好，防止异味侵入及冻伤。
想让南瓜泥保存更久且不变质，分装是关键。以下是具体步骤：将晾凉的南瓜泥按宝宝一顿的食量分装到小份容器中——可以使用硅胶冰格、小号辅食盒或保鲜袋。如果使用保鲜袋，将南瓜泥在袋中完全摊平，这样可以加快冷冻速度，也方便取出。在每个容器上贴上标签，注明食物名称和制作日期。将分装好的南瓜泥平放入冷冻室，快速冻透。
需要注意：冷冻前加入少量柠檬汁或维生素C可以有效防止氧化褐变，同时保留更多β-胡萝卜素等营养成分。制作南瓜泥所用的所有器具应严格消毒，避免交叉污染。
食用前，请通过“一看二闻三尝”判断南瓜泥是否变质。看外观：如果南瓜泥表面出现霉斑、颜色发暗或出水变色，说明已经变质。闻气味：变质的南瓜泥会有酸味、馊味或其他异常气味。正常的南瓜泥是天然的南瓜香味。尝味道：如果前两步没问题但仍有疑虑，可以取少量尝一下，变质的南瓜泥味道发酸发苦。
一旦确认南瓜泥变质，应立即丢弃，不要抱有侥幸心理喂给宝宝。
冷冻南瓜泥解冻后，不要再次冷冻，应在当天食用完毕。推荐两种解冻加热方法：隔水蒸热法——将冷冻南瓜泥块直接放入小碗，上锅蒸5-10分钟，中间搅拌一次确保受热均匀；微波炉加热法——放入微波炉专用碗，中低火加热40-60秒，取出搅拌后再加热20-30秒至完全热透。
解冻加热后的南瓜泥如果出现轻微的水渣分离，属于正常现象，充分搅拌均匀后不影响食用。为保持最佳口感，建议每次制作量不宜过多，现做现吃营养最好。