薏米粉结块通常是因为受潮或长时间静置导致的。小范围的结块可以尝试以下方法处理：将结块的薏米粉放入干燥的平底锅中，开小火慢慢烘烤，边烘烤边用锅铲不停翻动，直到结块松散、能闻到淡淡的米香味，取出彻底晾凉后过筛，将块状碾压回粉末状。处理后的薏米粉应尽快食用，不宜久存。
但如果结块已经很硬、颜色变深、伴有异味或发现霉点，说明已经发生变质，不再适合食用。发霉的薏米粉可能含有黄曲霉毒素，具有一定的肝脏毒性，不可通过暴晒或再次加热的方式消除毒素。
轻度受潮且没有变质迹象的薏米粉，经过适当处理后仍可使用。如果薏米粉只是轻微结块、用手能轻易捏散、颜色和气味正常、没有霉斑或异味，可以采用以下步骤处理：将密封的薏米粉放入冰箱冷冻室干冻48小时，利用低温破坏微生物生存环境，再拿到室温下密封回温后使用。或者将薏米粉均匀摊在烤盘上，放入预热50-60℃的烤箱中低温烘烤30-40分钟，中途翻拌1-2次，开烤箱门散热气，取出晾凉后过筛使用。
但如果出现以下任何一种情况，请立即丢弃：粉末结块严重呈硬块状、团块按压不散；颜色发暗、发灰、出现明显色差；闻到霉味、酸败味或哈喇味；肉眼可见白色、绿色或黑色的霉斑。食用变质薏米粉可能导致急性肠胃炎、腹泻、呕吐，长期食用霉变谷物还会增加肝癌风险。
薏米粉极易吸湿结块，正确的保存方法可以大大延长保质期：建议采用密封+冷冻的组合保存法——将薏米粉存放在密封性好的玻璃罐或真空密封袋中，然后放入冰箱冷冻室保存，取用时用干燥的勺子挖取所需分量，立即盖紧放回冷冻室。避免用湿勺挖取，不要将薏米粉长时间暴露在空气中，分装成小份随取随用。尽量购买小包装薏米粉，一次买一个月的量即可，不建议囤积超过半年的用量。