黑小麦面粉和全麦面粉是两个不同的概念，二者不能简单等同。黑小麦是从小麦品种角度区分的——它是通过远缘杂交培育出的特用型小麦品种，其籽粒因富含花青素而呈现独特的紫黑色或黑褐色。而全麦面粉则是从小麦加工工艺角度定义的，指保留了完整麸皮、胚芽和胚乳的面粉，不区分小麦品种。因此，黑小麦可以加工成全麦面粉，也可以加工成去除部分麸皮的精制面粉。
当黑小麦被加工成全麦面粉时，它就同时具备了“黑小麦”和“全麦”的双重属性。这种面粉颜色呈灰黑色或淡紫色，肉眼可见细碎的麸皮颗粒。与普通小麦的全麦面粉相比，黑小麦全麦面粉的营养价值更高。研究表明，黑小麦的蛋白质、膳食纤维、钙、维生素K以及总酚、总黄酮含量和抗氧化活性都显著高于普通小麦，其中总酚含量可达普通小麦的6倍。它还富含B族维生素、铁、锌、硒等微量元素，并含有天然的花青素，这是普通全麦面粉所不具备的。
消费者在购买时，可以通过产品配料表和名称来区分：配料表标注为“黑小麦粉”的产品，可能是全麦粉也可能是精制粉；而标注为“黑全麦粉”的产品，则明确是保留了麸皮的全麦粉。两者在口感和用途上也有区别：黑全麦粉制作的食品口感更粗糙、麦香味更浓郁，适合追求高纤维和天然营养的人群；而精制的黑小麦粉口感更细腻，适合制作面包、蛋糕等对口感要求较高的食品。无论是哪种，黑小麦面粉都比普通面粉具有更高的营养价值，尤其适合需要控制血糖、增加膳食纤维摄入的人群。