目前，黑小麦在我国的种植已形成多个核心产区。其中，河北省邯郸市馆陶县是极具代表性的主产地，该县自2005年引进种植黑小麦，截至2024年种植面积已达3.6万亩，并成功注册了“馆陶黑小麦”地理标志证明商标，被中国农科院评为“国家黑小麦产业化基地”。此外，新疆也是重要产区，尤其是伊犁河谷的特克斯县和巴州的和静县，依托充足的光照和富硒土壤资源，黑小麦产业已形成“种植+加工+销售”的全链条模式。
除上述地区外，河南省（如南阳、滑县）、甘肃省（如张掖、陇东地区）、山东省（如新泰市）以及山西省临猗县等地均有规模化种植。同时，河北肃宁县、云南、贵州、内蒙古等省份也有分布。
黑小麦在不同产区展现出了各自的优势。河北馆陶县地处黄河冲积平原，土壤肥厚，产出的黑小麦富含有机铬，氨基酸总量远超普通小麦。新疆产区得益于全年2732-3092小时的充足日照和巨大的昼夜温差，黑小麦颗粒饱满，矿物质含量高；而和静县则利用其富硒土壤资源，打造了高附加值的富硒黑小麦产品。在品种研发方面，河北拥有“冀资黑小麦1号”，甘肃有“陇紫麦2号”，河南推广“豫圣黑麦一号”等优质品种，这些品种共同丰富了国内黑小麦市场的选择。