芒果的保存方法取决于它当前的成熟状态。未成熟的青芒果和已经成熟的黄芒果，保存方式完全不同。如果是硬的、还未变软的生芒果，不要放入冰箱冷藏。低温会严重破坏芒果的酶活性，导致它无法正常成熟，最终变得又硬又涩、果肉发黑。正确的做法是将生芒果放在室温阴凉处（20℃至25℃），等待自然成熟。如果想加速成熟，可以放入纸袋并加一个苹果或香蕉。
当芒果已经变软、散发出浓郁果香时，就说明已经完全成熟。此时如果暂时吃不完，应放入冰箱冷藏室保存，温度设定在4℃至8℃之间。冷藏可以有效延缓芒果继续熟化，抑制细菌繁殖。将成熟芒果用保鲜袋或保鲜膜包好，放入冰箱蔬果层，通常可以保存5至7天。需要注意的是，冷藏后的芒果风味和口感会略有下降，拿出来食用前最好回温20分钟。另外，冰箱温度不能低于4℃，否则芒果会发生冷害，出现果皮凹陷、黑斑等冻伤症状。
如果需要保存更长时间，冷冻是最佳选择。将芒果去皮去核，果肉切成小块或片状，平铺在铺有烘焙纸的盘子上，放入冷冻室预冻2小时，待果肉变硬后再装入密封袋或冷冻盒中，挤出空气密封。这样处理后的芒果可以在冷冻室保存6至12个月。冷冻芒果可以直接用来打奶昔、做果酱或烘焙，解冻后口感会变软，不适合直接当鲜果食用。另一个短期的便捷方法是：将切好的芒果块放入密封罐，倒入没过果肉的糖水（糖水比例为1:3），冷藏可保存2至3周，适合做甜品用。
很多人在保存芒果时常犯两个错误。第一，将未成熟的生芒果直接放入冰箱，这会导致芒果出现冷害，果皮变黑、果肉失去风味且无法后熟。第二，用塑料袋将芒果严严实实封死，不透气的环境容易让芒果表面凝水，加速腐烂。正确的做法是：生芒果放在透气纸袋或果篮中，成熟芒果用保鲜膜或保鲜袋轻微包裹（留一点透气孔）再放入冰箱。另外，已经切开的芒果必须用保鲜膜贴紧切面包好，放入冰箱并在24小时内吃完，否则容易氧化变黑和滋生细菌。