用薏米粉做汤圆，不能全部用薏米粉，否则没有黏性无法成型。基础配比为：糯米粉150克，薏米粉50克（薏米需先炒熟再打粉），温水130-150毫升，糖20-30克。也可以将糯米粉和薏米粉按2:1或3:1混合。这个比例既能保证汤圆有足够的软糯感，又能尝到薏米的谷物香气。
准备馅料：熟黑芝麻50克、糖30克、黄油或猪油25克。将黑芝麻和糖用料理机打碎，加入融化后的黄油拌匀，放入冰箱冷藏20分钟定型，然后搓成每个5-6克的小圆球。也可以用红豆沙、花生碎等替代。注意馅料不能太大，否则皮容易破。
制作外皮：糯米粉和薏米粉混合过筛，加入糖拌匀。分次加入温水，边加边用筷子搅拌成絮状。用手揉成光滑不粘手的面团，盖上保鲜膜静置15分钟。
包制与煮制：取一小块面团（约15克），搓圆后压扁，捏成中间厚边缘薄的圆片。放一颗馅料在中间，用虎口慢慢收口，捏紧搓圆。锅中水烧开，放入汤圆，大火煮至汤圆浮起，再转中火煮2-3分钟，直到汤圆膨胀、皮变半透明即可捞出。
如果不想准备馅料，可以做简化版的无馅薏米小丸子。材料准备：薏米粉30克、糯米粉120克、温水100-120毫升、白糖20克（可选）。将薏米粉、糯米粉和糖混合均匀，分次加入温水揉成面团。将面团搓成细长条，切成1厘米长的小段，再搓成小圆球。锅中水烧开，放入小丸子煮至全部浮起即可。可以搭配红豆汤、桂花蜜、姜汁红糖水或椰奶一起食用。
想要汤圆软糯Q弹不粘牙，记住以下三个技巧：和面用温水（约40-50℃），水温太低面团容易开裂，水温太高会部分烫熟面团，导致糯米粉失去延展性。面团不要太干，标准是“柔软但不粘手”——如果开裂说明太干，可少量加水补救；如果太粘手说明水多，可适量加粉。一次不要做太多，糯米面团放置时间久了容易变干开裂，建议现做现吃。如果不马上煮，可以在汤圆表面薄薄滚一层干粉，放入密封盒冷冻保存。
薏米粉汤圆属于糯米制品，黏性大不易消化，一次不宜吃太多，建议每人每次5-8个为宜，尤其是老人和儿童。薏米性偏凉，经期女性和孕妇建议少量食用或避免食用。煮汤圆时水量要足（至少是汤圆体积的3-4倍），水开后再下锅，煮的过程中可以加一次凉水让内外受热均匀。如果馅料是生肉馅（如鲜肉汤圆），需延长煮制时间至5-6分钟。