早在《本草纲目》中就有记载，黑香米具有“滋阴补肾、健脾暖肝、明目活血”的功效。它自古享有“贡米”、“药米”、“长寿米”的美誉。传统中医学认为，它能有效调理肾气不足和肾阴虚，对于由此引起的腰膝酸软、须发早白等症状有良好的缓解作用。经常食用黑香米可以补中益气，促进人体内血红蛋白的产生，对改善体质虚弱和贫血状态也很有帮助。在民间，它常被视为一种上等的健脑食品，有助于促进生长发育和增强智力。
黑香米在延缓衰老方面表现突出，这主要归功于其核心营养成分——花青素。研究显示，黑香米中花青素的含量可高达每100克84.39至109.29毫克。这种强效的抗氧化剂能够有效清除体内的自由基，减缓细胞老化的速度。除了花青素，黑香米还富含硒元素等天然抗氧化成分，它们共同作用，能提高身体各组织器官的功能和细胞活性，经常食用有助于增强体质。此外，现代研究也证实，黑米（包含黑香米）具有抗疲劳的保健作用。
黑香米比普通大米更具营养优势。据广西农业大学的分析报告，其蛋白质含量可达9.7%，且18种氨基酸种类齐全。在矿物质方面，它同样表现优异，检测数据显示其钙含量为445PPM，磷含量为2756.6PPM，铁含量为9.5PPM。不同品种的黑香米在矿物质富集上各有特色，有研究品系中的钙含量高达1370.8毫克/公斤，锌含量达到60.3毫克/公斤。这些丰富的微量元素对于骨骼健康、造血功能以及维持身体正常代谢都至关重要。
黑香米性质平和，绝大多数人群都可以食用。由于其消化速度相对较慢，食用后不会引起血糖剧烈波动，因此尤其适合糖尿病患者作为主食的一部分。同时，它也适宜孕妇和婴幼儿适量食用，以补充营养、促进发育。不过，在食用前需要将黑香米用清水浸泡数小时，使其充分吸水，这样煮出来的口感会更加软糯。但需注意，因为黑香米含有较高的铜元素，所以患有肝豆状核变性或高铜血症的人群不宜食用；同时，体质偏热、火盛燥结者也应适量控制。