红芸豆在生长过程中容易受到多种病害侵袭，对产量和品质影响较大。主要病害包括以下几类：
根腐病是红芸豆生产上最常见的一种真菌性病害，主要危害植株根部和茎基部。发病时，首先从植株下部叶片开始发黄，病部产生褐色或黑色点状黑斑，并由支根扩展到主根，最终导致整个根系腐烂坏死。高温、高湿、排水不良、连作重茬是其主要发病条件。防治措施包括：与禾本科作物轮作倒茬，播种前用35%多克福种衣剂进行种子包衣，发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液灌根，每穴灌药500毫升。
细菌性晕疫病主要侵害叶片，初发时在上部叶片或新生叶片上出现不规则水浸状斑点，周围形成直径0.5至1.0厘米的黄色晕圈，斑上常有菌浓溢出。该病主要通过种子传播，带菌率仅需0.02%即可造成流行。发病后可用72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素400倍液喷雾防治，隔7至10天喷1次，连喷2至3次。
炭疽病由真菌引起，在低温高湿条件下容易发生。主要症状为叶片出现锈色或紫色的病斑，逐渐变为黑褐色，豆荚上的病斑小而多，呈棕红色。防治措施包括：播种前用种子量0.3%的福尔马林浸种20分钟，发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷雾，间隔5至7天一次，连续2至3次。
菌核病也是红芸豆的常见病害之一，花期是重点防治时期。可用40%菌核净可湿性粉剂1000至1500倍液喷雾，于花期喷洒两次，间隔10至15天。
红芸豆的常见虫害包括蛴螬、地老虎、蚜虫和红蜘蛛等。蛴螬和地老虎主要危害幼苗，常在夜间将幼苗根茎咬断。防治方法可用50%辛硫磷乳油进行药剂拌种，或播种时撒施适量呋喃丹。蚜虫不仅危害植株，还传播病毒病，天气干旱时发生尤为严重，可用1.8%阿维菌素4000倍溶液防治。红蜘蛛在高温低湿条件下危害严重，被害叶片初现黄白斑，渐变红色终至脱落，可用1.8%阿维菌素4000倍液或50%三氯杀螨乳剂1000至1500倍液防治。
种植红芸豆需要从选地、播种、田间管理等多个环节严格把控。
红芸豆不宜连作或重茬，应与禾本科作物（如小麦、玉米、马铃薯等）轮作，间隔期需2年以上。前茬用过除草剂的地块需留意安全间隔期，如烟嘧磺隆需间隔18个月以上方可种植。应选择排水良好、土质疏松的平岗地或砂性土壤，忌选低洼易涝地。土壤最适宜的pH值为6.3至7.9，低于5.2易发生锰中毒。
一般当10厘米土壤耕层地温稳定通过12℃时开始播种，北方春播区正常年份播种期以5月中下旬为宜。播种前需进行种子精选，去除病斑粒、破碎粒，保证种子纯度≥98%，发芽率≥85%。播种深度控制在3至5厘米，播后及时镇压保墒。密度方面，红芸豆一般每亩保苗约1万株，播种量每公顷约50公斤。
红芸豆整个生育期应进行2至3次中耕。苗齐后进行第一次中耕，深度20至25厘米；后间隔7至10天进行第二次；开花封垄前进行第三次，并结合培土。除草方面，苗前可采用封闭除草，苗后于芸豆2至3叶期进行。施肥应遵循测土配方原则，一般中等肥力地块亩施纯氮1.3至2公斤、磷肥3.3至5公斤、钾肥1.3至2公斤。
红芸豆收获宜在植株70%叶片枯黄、80%豆荚成熟后进行。可采用分段收获方式：先用机械起拔或割倒植株，田间晾晒5至7天后，再用捡拾脱粒机一次性完成收获，可有效降低损失率、提高商品质量。收获后需对籽粒进行干燥、清选和分级，入库储存时含水量应控制在13%以下。