红芸豆吃多了最常见的副作用就是消化系统不适。红芸豆富含低聚糖，包括棉子糖和水苏糖等，人体肠道内缺乏分解这些成分的酶，它们无法在小肠被消化吸收，而是直接进入大肠。在大肠中，肠道细菌会发酵这些低聚糖，产生大量气体，从而导致腹胀、腹部不适、排气增多甚至腹部绞痛。红芸豆中的大量膳食纤维也会在肠道内吸水膨胀，增加肠道内容物体积，对于消化功能敏感的人来说，会进一步加重胀气和不适感。对于消化功能较弱的老年人、儿童以及患有慢性胃炎、胃溃疡或肠易激综合征的人群，过量食用红芸豆后出现消化不适的风险更高。
红芸豆中含有植酸、单宁和皂苷等抗营养因子。当大量食用红芸豆时，这些物质会对矿物质的吸收产生干扰。植酸会与铁、锌、钙、镁等矿物质结合形成不溶性复合物，降低这些矿物质在肠道中的吸收利用率。长期过量食用红芸豆，如果不注意食物多样化搭配，可能导致铁、锌等微量元素的缺乏。此外，红芸豆中的单宁也会影响铁的吸收，皂苷则可能影响某些脂溶性营养素的利用。不过需要注意的是，这种影响主要发生在长期大量食用且饮食单一的情况下，通过充分浸泡、彻底煮熟以及搭配富含维生素C的食物，可以显著降低抗营养因子的负面影响。
红芸豆属于中等嘌呤含量的食物，每100克干豆中嘌呤含量约为75至150毫克。短时间内大量食用红芸豆，可能导致外源性嘌呤摄入过多，使血尿酸水平升高。对于本身就有高尿酸血症或痛风病史的人来说，这可能诱发痛风急性发作，表现为关节红、肿、热、痛。痛风急性期患者应严格避免食用红芸豆，缓解期也要严格控制食用量。另外，少数对豆类过敏的人群在食用红芸豆后可能出现过敏反应，症状包括皮疹、荨麻疹、皮肤瘙痒、嘴唇肿胀、呼吸困难、恶心呕吐等，严重时甚至可能发生过敏性休克。如果已知对其他豆类过敏，首次食用红芸豆前应谨慎。
红芸豆中钾和磷的含量都比较高。每100克干红芸豆约含1300毫克钾和300毫克磷。对于肾功能正常的人来说，这并不会造成问题，肾脏可以正常排泄多余的钾和磷。但对于肾功能不全、慢性肾衰竭或正在接受透析治疗的患者来说，大量食用红芸豆会显著增加肾脏的排泄负担，可能导致高钾血症（表现为心律失常、肌肉无力）或高磷血症（导致骨骼代谢紊乱）。因此，这类人群在食用前必须咨询医生或营养师。即使对于健康人群，红芸豆也不宜一次性过量食用。建议每天食用量控制在干豆50克或熟豆150克左右，采用粗细搭配的方式，将红芸豆与大米、小米等谷物按1：2的比例混合食用。最重要的是，无论吃多吃少，红芸豆都必须经过充分浸泡并彻底煮熟，因为生豆中的植物血球凝集素引起的中毒反应远比一般副作用严重，这一点不可忽视。