要想红芸豆吃得有营养且不损失营养，烹饪方法非常关键。首先，浸泡过程本身会造成少量水溶性维生素（如B族维生素和叶酸）和矿物质流失到水中。为了尽量减少损失，建议用少量清水浸泡，浸泡时间控制在8小时左右，不要超过12小时。浸泡水可以直接用于煮豆，但需要注意的是，浸泡水中也溶有部分低聚糖，容易引起胀气，因此更推荐的做法是倒掉浸泡水，换新水烹煮。如果为了保留营养成分而保留浸泡水，可以将浸泡水静置后取上层清液使用，避免底部沉淀的杂质。
在烹煮方式上，低温慢煮比高温快煮更能保留红芸豆中的热敏性营养素，如花青素和部分B族维生素。建议使用砂锅或电饭煲的小火慢炖模式，避免使用高压锅长时间高温加压。煮豆时加入少许白醋或柠檬汁，酸性环境有助于稳定花青素，保持豆皮鲜艳的颜色。煮豆时间不宜过长，以豆子刚好软烂、外形完整为准，过度烹煮会导致部分营养溶入水中。
为了更好地保留营养，建议将红芸豆整粒食用，不要去皮或打成过细的豆泥。红芸豆皮富含花青素和膳食纤维，去皮质这些宝贵营养会白白损失。同时，完整颗粒在消化过程中淀粉酶作用更缓慢，有助于稳定血糖。煮豆后的汤汁含有溶出的B族维生素和矿物质，可以用来煮饭或做汤，避免营养浪费。
提升红芸豆营养吸收率的关键在于合理搭配。红芸豆富含赖氨酸但缺少蛋氨酸，而谷物（大米、小麦、玉米）正好相反，两者搭配食用可以实现蛋白质互补，大幅提高蛋白质的利用率。经典搭配如红芸豆杂粮饭、红芸豆小米粥就是很好的例子。同时，为了提高红芸豆中铁元素的吸收，建议搭配富含维生素C的食材一同食用，如甜椒、西红柿、西兰花、柑橘类水果或柠檬汁。避免在吃红芸豆的同时饮用浓茶或咖啡，其中的鞣酸会抑制铁的吸收。
以下是一些既能保留营养又能提升口感的搭配方案。如果想要控制血糖，将红芸豆与燕麦、荞麦同煮，利用膳食纤维协同作用；如果想要增强补血效果，可将红芸豆与红枣、桂圆、枸杞以及富含维生素C的食材搭配；如果想要促进肠道健康，可搭配富含益生元的食材如洋葱、大蒜、香蕉。无论采用哪种烹饪方法，最重要的一点是：红芸豆必须彻底煮熟。生红芸豆含有植物血球凝集素，这是一种有毒蛋白质，充分加热才能将其破坏。建议煮沸后继续小火煮10分钟以上，确保安全。另外，不建议采用油炸、长时间高温烘烤或加入大量糖和油的烹饪方式，这些做法不仅会破坏营养素，还会额外增加不健康的脂肪和热量。