红芸豆含有丰富的膳食纤维和低聚糖，这些成分在肠道内发酵容易产生大量气体。对于消化功能较差、患有慢性胃炎、胃溃疡、肠易激综合征或容易腹胀、腹泻的人群来说，食用红芸豆可能加重腹部不适，导致胀气、腹痛或排气增多。这类人群如需食用，建议从少量开始，观察身体反应，并且一定要将豆子完全煮软烂，有助于减轻消化负担。
红芸豆属于中等嘌呤含量的食物，每100克干豆中嘌呤含量约为75至150毫克。对于痛风急性发作期的患者来说，食用红芸豆可能导致血尿酸水平升高，加重关节疼痛等症状。处于痛风缓解期的患者可以少量食用，但建议每次食用量控制在50克以下（干重），同时注意多喝水以促进尿酸排泄。高尿酸血症人群同样需要控制摄入量，不宜频繁或大量食用。
红芸豆中钾和磷的含量都比较高。每100克干红芸豆约含1300毫克钾和300毫克磷。对于肾功能不全、慢性肾衰竭或正在接受透析治疗的患者来说，肾脏排泄钾和磷的能力下降，食用红芸豆可能导致高钾血症或高磷血症，引发心律失常、肌肉无力或骨骼代谢紊乱等严重问题。这类人群在食用红芸豆前，务必咨询医生或临床营养师，根据肾功能指标确定安全的摄入量。
对豆类食物过敏的人群应避免食用红芸豆。豆类过敏可能引发皮疹、荨麻疹、皮肤瘙痒、嘴唇肿胀、呼吸困难、恶心呕吐等过敏反应，严重时甚至可能导致过敏性休克。如果已知对其他豆类如黄豆、花生、绿豆等过敏，首次食用红芸豆时需格外谨慎，必要时可先进行过敏原检测。
红芸豆富含维生素K，正在服用华法林等抗凝血药物的人群应保持维生素K摄入量的稳定，避免短期内大量食用红芸豆，以免影响药效。此外，红芸豆中的植酸和膳食纤维可能影响某些药物或矿物质的吸收，建议与药物间隔2小时以上食用。无论属于哪类人群，食用红芸豆前都必须确保充分浸泡并彻底煮熟，因为生豆中的植物血球凝集素可能引起食物中毒，这一点对所有人都适用。