黑香米最有价值的营养成分集中在米粒的外层，尤其是富含花青素的种皮。想要吃得有营养，关键在于正确清洗和浸泡，尽量减少水溶性营养成分的流失。建议用流动的清水轻轻冲洗1-2遍即可，不要用手反复搓揉，以免破坏种皮结构导致花青素和膳食纤维流失。浸泡时间控制在30分钟至1小时为宜，浸泡过久会让B族维生素、花青素等溶入水中而损失。浸泡后的水不要倒掉，应连同米一起下锅烹饪，以充分利用其中的营养成分。
将黑香米用清水轻轻淘洗后，浸泡30分钟至1小时。蒸煮时米与水的比例约为1:1.2，放入蒸锅大火烧开后转小火，蒸煮20-30分钟。关火后不要立即开盖，焖5-10分钟可以让米粒更加松软，口感更佳。纯黑香米蒸出来的米饭香气浓郁，适合搭配清淡的菜肴，最能体现黑香米本身的营养和风味。
纯黑香米口感较硬，更常见的做法是与白米混合蒸煮。将黑香米与白米按1:2或1:3的比例混合淘洗，提前浸泡1-2小时（黑香米吸水性强），煮饭时水量要比平时焖白米饭多放一些。混合米饭既有黑香米的麦香和花青素，又有白米的软糯口感，更适合日常作为主食长期食用。还有一个小窍门：洗好米后加入几滴生油再煮，米饭会更光亮松散。
煮粥是让黑香米营养充分释放的好方法，尤其适合消化功能偏弱的人群。黑香米煮粥前需要浸泡3小时以上，米与水的比例约1:8-1:10，大火煮开后转小火慢熬40分钟左右，煮至米粒完全开花、粥体浓稠。可搭配红枣、桂圆、枸杞等食材，既增风味也提升滋补效果。黑香米的铁含量约是普通白米的六倍，煮粥食用对改善贫血很有帮助。
这道东南亚风味的甜品既美味又营养。具体做法：黑香米200克浸泡4小时以上，放入电饭煲焖熟（水量比平时焖饭多一倍）；焖好后趁热加入1勺白砂糖拌匀；取一只碗，内壁涂抹一层黄油（防粘），将黑香米盛入碗中压平，倒扣在盘子上成型；将木瓜或芒果去皮切片，码放在米饭旁边；取4勺椰浆加入1勺炼乳调匀，淋在黑香米饭上即可享用。这种做法将主食与水果结合，口感层次丰富，适合追求美味与营养兼得的人群。
黑香米性质平和，绝大多数人群均可食用，尤其适合缺铁性贫血者、糖尿病患者和追求健康主食的人群。但因黑香米富含膳食纤维，一次食用不宜过多，胃肠功能弱者每次建议控制在50克以内。烹饪时避免添加碱性物质（如小苏打），以免破坏花青素结构。黑香米因香气浓郁易招米虫，建议密封或真空保存。