三色藜麦的浸泡时间并非固定不变，而是因颜色和烹饪方式而异。总体原则是：白色藜麦需要浸泡30分钟到1小时，红色藜麦需要1-2小时，黑色藜麦质地最硬，需要浸泡2-3小时。如果是混合后的三色藜麦，建议按照最长的标准来操作，即至少浸泡2小时。如果时间紧张，用40℃左右的温水浸泡可以将时间缩短一半，但营养保留效果略逊于冷水浸泡。
不同颜色的藜麦表皮厚度和结构差异明显，这是浸泡时间需要区别对待的根本原因。白色藜麦外皮薄，吸水速度快，浸泡30分钟就能看到籽粒明显膨胀；红色藜麦表皮稍厚，需要更长时间才能让水分充分渗透到内部；黑色藜麦种皮最为致密坚硬，短时间浸泡难以软化。如果不做区分、统一短时间浸泡，容易出现白藜麦已经软烂、而黑藜麦仍然夹生的情况。相反，如果统一长时间浸泡，白藜麦又会因吸水过度变得过于软烂，失去应有的Q弹口感。
家庭日常烹饪三色混合藜麦时，最实用的做法是：将三种颜色的藜麦混合后，用清水淘洗至无泡沫，然后加入足量冷水浸泡2-3小时。期间可以换水1-2次，有助于更彻底去除皂苷的苦味。浸泡到位的标志是：白藜麦体积明显增大、手感柔软；红藜麦变软但仍有一定弹性；黑藜麦表面微微发亮、不再坚硬。如果实在无法提前2小时浸泡，可以用热水浸泡40分钟并盖上盖子保温，但口感会略微逊色。
浸泡步骤看似简单，但走极端都会影响成品。完全不浸泡的三色藜麦直接下锅煮，不仅皂苷残留导致苦涩味明显，而且种皮硬、芯部难熟，容易出现外层已经煮烂、内部还是夹生的尴尬状况，即使延长烹饪时间也难以补救。浸泡时间过长（超过8小时）且不换水，藜麦会开始轻微发酵，产生酸味，同时部分水溶性维生素流失到水中。如果不小心泡过头但还没煮，可以换清水后尽快烹饪，并适当缩短后续焖煮时间。
在某些烹饪方式下，浸泡时间可以灵活调整。如果用高压锅或电压力锅煮三色藜麦，只需浸泡30分钟到1小时即可，因为高压环境能快速软化种皮。如果用豆浆机或破壁机打成藜麦浆，则可以直接使用干藜麦浸泡10分钟软化表层后即可操作。另外，对于消化功能极差的人群或制作婴儿辅食，建议将浸泡时间延长至6小时以上（每3小时换一次水），煮后再用料理机打成糊状食用。