红藜麦和白藜麦最直观的区别在于颜色——红藜麦呈红褐色或黑红色，白藜麦则为米白色。在种植条件上，红藜麦对生长环境要求更为苛刻，必须种植在海拔2500米以上的地区，而白藜麦的适应性更强。由于生长条件限制，红藜麦亩产量仅约200千克，属于藜麦中的稀有品种；白藜麦亩产量可达250千克，是市面上最常见的藜麦品种。
在蛋白质含量方面，红藜麦（22%以上）略高于白藜麦（16%-22%）。但研究发现，白藜麦的氨基酸组成更接近人体理想比例，其氨基酸评分（SRC值）在三色藜麦中最高，营养价值相对更优。在抗氧化能力上，红藜麦的黄酮类物质含量更高，对自由基的清除能力优于白藜麦。此外，红藜麦和黑藜麦的粗纤维、总黄酮和总多酚含量普遍高于白藜麦。
红藜麦和白藜麦在口感上有明显区别。白藜麦口感最类似米饭，软糯蓬松，带有淡淡的青草或坚果香气，烹饪时间最短（10-15分钟）。红藜麦质地较硬，煮熟后颗粒感更强、更有嚼劲，纤维含量是三色藜麦中最高的，烹饪时间需要更长（约15-20分钟）。从升糖指数来看，红藜麦的预估血糖指数（eGI=48.32）低于白藜麦（eGI=54.21），更适合需要控制血糖的人群。
选择哪种藜麦取决于个人需求。如果追求软糯口感、易烹饪，或者给老人孩子食用，白藜麦是最佳选择。如果注重抗氧化效果、控糖需求，或者用于沙拉等需要颗粒分明的菜肴，红藜麦更为合适。市面上常见的三色藜麦将三者混合，兼顾口感与营养，也是不错的选择。