三色藜麦富含膳食纤维，每100克约含7克，其中大部分为不溶性纤维。对于健康人群这是优点，但对于肠胃功能严重虚弱的人，却可能加重不适。患有急性肠胃炎、胃溃疡活动期、严重胃食管反流、肠易激综合征（腹泻型）的人群，食用高纤维的藜麦可能引发或加重腹胀、腹痛、腹泻等症状。此外，刚接受过胃肠道手术、处于恢复初期的患者，也建议暂时避免食用。这类人群需要的是低渣、易消化的食物，如精白米粥、烂面条，待肠道功能基本恢复正常后，再从小剂量（每次10-15克熟藜麦）开始尝试。
三色藜麦的蛋白质和钾含量都较高。每100克干藜麦含蛋白质约14-16克、钾约563毫克。对于肾功能正常的健康人这是优质营养，但对于慢性肾脏病（尤其是3-5期）患者，则需要控制这两项指标的摄入。肾功能不全时，蛋白质代谢产生的含氮废物（如尿素氮）无法充分排出，高钾血症则可能引发心律失常甚至心脏骤停。因此，肾小球滤过率低于30ml/min的严重肾病患者，应在医生或临床营养师指导下严格控制藜麦摄入量，通常不建议食用。对于早期肾病患者，如需食用，需计算入每日蛋白质总量并经过水煮弃汤处理以降低钾含量。
虽然藜麦的致敏性远低于小麦、大豆、坚果等常见过敏原，但仍有少数人群可能对其过敏。藜麦属于苋科（与菠菜、甜菜同科），对苋科植物花粉或食物过敏的人，存在交叉过敏的可能。藜麦表面含有的皂苷也可能引起接触性皮炎或消化道刺激反应（这与IgE介导的真过敏不同）。过敏症状可表现为：口腔瘙痒、皮疹、荨麻疹、恶心呕吐、腹泻，极少数情况下可能出现呼吸困难。如果食用藜麦后出现上述任何症状，应立即停止食用并咨询医生。已知对菠菜或甜菜过敏的人群，首次尝试藜麦时建议从极少量（1-2克）开始并密切观察。
三色藜麦的嘌呤含量属于中等水平，每100克约含60-80毫克嘌呤。对于健康人群没有问题，但对于痛风急性发作期或高尿酸血症控制不佳的患者，摄入中等嘌呤食物仍需谨慎。藜麦中的嘌呤在体内代谢后会生成尿酸，可能加重病情或诱发痛风发作。因此，痛风急性期的患者应暂时避免食用藜麦。缓解期患者可适量食用，但需注意两点：一是每次食用量控制在干重30克以内，二是煮藜麦的水要弃掉（嘌呤溶于水），采用“煮后弃汤”的方式可减少约30%-40%的嘌呤含量。
三色藜麦的高纤维特性可能影响某些药物的吸收。如果正在服用甲状腺药物（如左甲状腺素）、某些抗生素（如四环素、环丙沙星）或双膦酸盐类药物（治疗骨质疏松），建议与食用藜麦间隔至少2-3小时。因为膳食纤维会与这些药物结合，降低其生物利用度。此外，藜麦富含维生素K，每100克约含23微克。正在服用华法林等抗凝药物的患者，需要保持维生素K摄入量的稳定，突然大量食用藜麦可能影响INR值（凝血功能指标），这类人群如需添加藜麦，应告知医生并定期监测凝血功能。
并非所有宝宝都不能吃藜麦，但有明确的月龄限制。6个月以下的婴儿绝对不能食用——此时婴儿的消化系统尚未发育完善，无法处理固体食物。6-8个月的婴儿只能少量尝试白藜麦泥（红、黑藜麦禁用），因为红色和黑色藜麦的外皮较硬，婴儿无法消化，可能引起肠梗阻或消化不良。1岁以下的婴儿不建议食用三色混合藜麦。此外，有家族过敏史或胃肠道敏感的宝宝，添加藜麦前应咨询儿科医生。