三色藜麦最核心的功效在于它提供了罕见的植物性完全蛋白质。所谓完全蛋白质，是指含有人体无法自行合成的全部九种必需氨基酸。每100克干藜麦的蛋白质含量约为14-16克，且氨基酸配比均衡，尤其富含谷物中普遍缺乏的赖氨酸。这使得三色藜麦成为素食者、健身人群以及需要组织修复者的理想蛋白质补充来源。规律食用藜麦有助于维持肌肉质量、促进伤口愈合、增强免疫力，同时避免了动物蛋白可能带来的饱和脂肪摄入过多问题。
三色藜麦的升糖指数（GI值）约为35-53，属于典型的低升糖食物。其丰富的膳食纤维能够在肠道中形成凝胶状物质，延缓碳水化合物的消化吸收速度，从而避免餐后血糖急剧升高。对于2型糖尿病患者或糖耐量异常人群，将白米饭替换为三色藜麦，有助于实现更平稳的血糖控制。同时，藜麦中的膳食纤维、植物甾醇和不饱和脂肪酸协同作用，能帮助降低血液中的总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇（“坏”胆固醇）。一项临床研究显示，连续8周以藜麦替代部分主食的受试者，其甘油三酯水平平均下降约10%。
每100克三色藜麦约含7克膳食纤维，其中大部分为不溶性纤维。这些纤维能增加粪便体积、刺激肠道蠕动，有效预防和缓解便秘。纤维在肠道内发酵产生的短链脂肪酸还能滋养结肠细胞，维护肠道屏障功能。在体重管理方面，藜麦的高纤维和高蛋白组合能够显著延长饱腹感。一份含有50克干藜麦的餐食，可使饱腹感持续4-5小时，减少餐间零食的摄入频率。相比同等热量的精制谷物，藜麦更有利于控制体脂率和腰围。
三色藜麦中的红色和黑色品种富含花青素、槲皮素、山奈酚等多种类黄酮化合物，具有显著的抗氧化活性。其中，黑藜麦的总酚和总黄酮含量最高，抗氧化能力约为白藜麦的1.5倍。这些抗氧化剂能够中和体内自由基，减少氧化应激对细胞DNA和细胞膜的损伤，从而延缓衰老过程，并可能降低癌症、心血管疾病等慢性病的发生风险。三色混合食用，可以综合不同颜色藜麦的植化素优势，形成更全面的抗氧化保护。
三色藜麦是多种微量元素的优质来源。其铁含量约为每100克4.6-5.8毫克，是白米的5倍，有助于预防缺铁性贫血，尤其适合月经期女性和素食者。镁含量高达每100克约200毫克，对维持神经肌肉正常功能、改善睡眠质量、缓解焦虑有积极作用。钾含量超过500毫克，有助于调节血压和体液平衡。此外，藜麦还含有丰富的B族维生素（尤其是叶酸）和维生素E。每日食用50克三色藜麦，即可满足成年人一日约20%的叶酸需要量和15%的铁需要量。
三色藜麦的功效虽多，但需正确食用才能安全发挥。烹饪前必须彻底清洗并浸泡2小时以上，以去除表面皂苷的苦涩味。建议每日干重摄入量控制在50-100克，过量可能引起腹胀或消化不良。肠胃功能严重虚弱者、慢性肾脏病3-5期患者、痛风急性期患者应谨慎食用或避免。婴幼儿需分龄对待：6-8个月仅可少量食用白藜麦泥，1岁以下不建议食用三色混合藜麦。正在服用甲状腺药物或抗凝药物的人群，需注意与藜麦食用时间间隔2-3小时。