芡实糕的配方因制作方式和风味不同而有所差异，但核心原料始终是芡实粉、糕粉（米粉）和糖。以下是几种有代表性的配方比例：
传统经典配方：这是芡实糕最基础的配方，来自成都文化食品厂的传统工艺。原料配比为搅糖25公斤、糕粉25公斤、芡实粉0.9公斤。以每盆成品1.4公斤计算，具体用量为搅糖0.7公斤、糕粉0.7公斤、芡实粉25克。这个配方中芡实的占比约为3.6%，整体口感偏松软细润。
家庭自制配方：家庭制作时，常见的配比为芡实粉60克、大米粉100克、糯米粉40克、红糖20克、水适量。这个配方可以根据个人口味调整，喜欢软糯口感可用芡实粉:大米粉:糯米粉=1:2:2的比例；喜欢干爽蓬松则可改用2:2:1的比例。需要注意的是，当芡实粉占比超过1/3时，口感会带有明显的颗粒感。
科研优化配方：南京中医药大学的专利配方中，芡实糕由鲜芡实13-18份、白扁豆4-6份、山药4-6份、百合4-6份、茯苓粉4-6份、糯米粉16-24份、魔芋粉4-6份和白砂糖3-5份制成。这是一款更注重健脾益气功效的复合配方。
确实有一些市售的“芡实糕”在配料表中没有标注芡实，这通常有以下几种原因：
传统配比中芡实含量极低。从传统配方可以看出，芡实在总原料中的占比仅为3.6%左右。按照食品配料表的标注规则，含量越低的成分排名越靠后。如果芡实添加量极少，或者被包含在“糕粉”、“复合糕点粉”等统称中，就可能出现在配料表末尾甚至不被单独列出。
风味型芡实糕的芡实被稀释。当制作抹茶味、芝麻味、桂花味等风味芡实糕时，其他配料（如黑芝麻粉、抹茶粉、干桂花等）会挤占空间。例如芝麻芡实糕中，熟芡实粉的用量为90克，但同时还加入了黑芝麻粉30克、糖粉60克、水磨糯米粉140克等，芡实的相对占比并不高。
商业产品可能名不副实。部分商家出于成本考虑，可能使用“芡实香精”或少量芡实粉末来营造风味，实际芡实含量极低甚至为零。这种情况下，产品名称仍有“芡实糕”，但配料中找不到芡实。建议消费者选择信誉良好的品牌，或在家自制更为可靠。
真正的芡实糕应当具备以下特征：质地松软细润，组织均匀，甜味纯正，具有糕粉和芡实的特殊香味。如果买到一款“芡实糕”，口感过于软糯（说明糯米粉占比过高）、没有淡淡的谷物回甘、甚至配料表里完全找不到芡实，那就要谨慎对待了。自己做的好处是可以完全控制原料配比，确保吃到真正的芡实。